（1）会计电算化系统在内部制约中存在缺陷的风险，这些缺陷是由软件开发中出现的，在审计时需要审计人员进行安全稳定性审计测试，由于技术上的缺乏，一旦测试出现偏差，将会大大影响审计结果；（2）为适应会计电算化，审计中逐渐出现计算机软件进行辅助审计，会计软件的不断升级可能导致审计软件出现缺陷，从而造成审计结果出现偏差；（3）审计系统的操作人员由于主观、客观等理由，失去对审计软件的合理制约和操作，带来操作风险；（4）会计电算化系统和审计系统的特点，容易依法计算机舞弊风险，比如利用计算机剽窃、贪污，盗窃、刺探经济情报，计算机病毒等。
（1）技术审计策略。其一，在进行会计审计时，可借助于被审计单位的电脑和会计软件进行审计，这种审计法策略快捷、准确，对审计人员具有较高的计算机计算要求，因此适用于大中型会计师事务所对大中型企业的审计。其二，借助专业的审计软件进行审计，这种策略对被审计单位会计系数据收集速度快，对审计人员的计算机技术要求相对较低，并且审计时间、审计报表的调整等非常快。其三，在被审计单位的会计电算化系统中实现嵌入审计模块，将该模块作为会计系统的一部分，这种策略具有很强的针对性，能够全天候检测，方便查询，便于记录审计，但鉴于对审计模块的苛刻要求，目前尚未有广泛应用的空间。（2）政策审计策略。其一，在法律范围内制定与之相适应的法律法规，利用法律的强制性作用规范会计电算化和审计活动，提高“公共利益”的法律意识和审计质量。其二，完善会计电算化下的审计标准和准则，是审计准则与会计电算化准则时刻保持一致。其三，建立全新的会计电算化内部制约制度，包括会计电算化软件管理制度、岗位职责化制度、操作管理制度、会计档案管理制度等。从意识上强化会计人员与审计人员的风险意识，完善会计电算化信息系统的内部制约机制法规和准则，加强对机构及人员的管理制约，加强操作制约和内部审计。其四，制定计算机舞弊审计的专门管理制度，严格制约计算机舞弊。
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